Stanisław urodził się 28 grudnia 1550 r. w Rostkowie na Mazowszu (obecnie powiat przasnyski). Był synem Jana, kasztelana zakroczymskiego, i Małgorzaty z Kryskich (z Drobina). Krewni rodziny zajmowali eksponowane stanowiska w ówczesnej Polsce. Miał trzech braci: Pawła (+ 1607), Wojciecha (+ 1576) i Mikołaja, oraz dwie siostry, z których znamy imię tylko jednej, Anny. Historia nie przekazała nam bliższych szczegółów z lat dziecięcych Stanisława. Wiemy tylko z akt procesu beatyfikacyjnego, że był bardzo wrażliwy. Dlatego ojciec w czasie przyjęć, na których niekiedy musiał bywać także Stanisław, nakazywał gościom umiar w żartach, gdyż inaczej chłopiec może omdleć.
Pierwsze nauki Stanisław pobierał w domu rodzinnym. W wieku 14 lat razem ze swoim bratem, Pawłem, został wysłany do szkół jezuickich w Wiedniu. Kostkowie przybyli do Wiednia w dzień po śmierci cesarza Ferdynanda, to znaczy 24 lipca 1564 r. Wiedeńska szkoła jezuitów cieszyła się wówczas zasłużoną sławą. Codziennie odprawiano Mszę świętą. Przynajmniej raz w miesiącu studenci przystępowali do sakramentu pokuty i do Komunii. Modlono się przed lekcjami i po nich. Na pierwszym roku wykładano gramatykę, na drugim "nauki wyzwolone", na trzecim - retorykę.
Pierwsze nauki Stanisław pobierał w domu rodzinnym. W wieku 14 lat razem ze swoim bratem, Pawłem, został wysłany do szkół jezuickich w Wiedniu. Kostkowie przybyli do Wiednia w dzień po śmierci cesarza Ferdynanda, to znaczy 24 lipca 1564 r. Wiedeńska szkoła jezuitów cieszyła się wówczas zasłużoną sławą. Codziennie odprawiano Mszę świętą. Przynajmniej raz w miesiącu studenci przystępowali do sakramentu pokuty i do Komunii. Modlono się przed lekcjami i po nich. Na pierwszym roku wykładano gramatykę, na drugim "nauki wyzwolone", na trzecim - retorykę.
