Jan de Yepes był trzecim z kolei dzieckiem Gonzaleza de Yepes i Katarzyny Alvarez. Przyszedł na świat w 1542 roku w Fontiveros, w pobliżu miasta Avila (Hiszpania). Miał dwóch braci: Ludwika i Franciszka, ale pierwszy z nich zmarł niedługo po urodzeniu. Warunki w domu były bardzo ciężkie, gdyż rodzina wyrzekła się Gonzaleza za to, że będąc szlachcicem śmiał wziąć za żonę dziewczynę z ludu. Jeszcze cięższe warunki nastały, kiedy zmarł ojciec. Jan miał wówczas dwa i pół roku. Matka przeniosła się z dziećmi do Arevalo (1548), a potem do Medina del Campo (1551). Jan został oddany do przytułku. Potem pracował w szpitalu, by następnie próbować różnych zawodów u kolejnych majstrów: w tkactwie, krawiectwie, snycerstwie, jako malarz, jako zakrystian, wreszcie jako pielęgniarz. Za zebrane z trudem pieniądze uczył się w kolegium jezuickim w Medinie (1559-1563), jednocześnie pracując na swoje utrzymanie. W roku 1563, mając 21 lat, wstąpił do karmelitów i wtedy obrał sobie imię Jan od św. Macieja. W zakonie napotkał na znaczne rozluźnienie. Dlatego gdy składał śluby, czynił to z myślą o profesji według dawnej obserwancji. Po ukończeniu studiów filozoficznych i teologicznych w Salamance, w 25. roku życia otrzymał święcenia kapłańskie (1567).
